國立臺東大學與臺東縣政府合作獲得國家發展基金補助，於 108 年10月啟用與試營運東部生物經濟中心食品生技先導工廠。除具備最先進的食品生物科技產品研發與試量產設備外，全廠區搭載 HEPA 空調，並取得  ISO 22000 的國際驗證與 HACCP 等食品安全驗證，110 年10月經由臺東大學與臺東縣政府合作下，取得工廠登記字號，成為全國國立大學中唯一具備工廠登記字號的食品生技工廠。此為國立大學與縣市政府合作推動產業六級化的典範與重要里程碑。地方微型企業與創業者可透過與台東大學食品生技工廠產學合作，研究開發與試量產產出之產品，合法於各種實體與網絡通路中試銷，藉此可更準確獲得市場資訊。